พวกเขาแสดงถึงการรวมกันของกรดอะมิโนสองตัวขึ้นไปผ่านการเชื่อมต่อระหว่างเปปไทด์ดั้งเดิมกับเปปไทด์ ในผลิตภัณฑ์และโปรตีนพันธะเหล่านี้เกี่ยวข้องกับพันธะเปปไทด์และผลของปฏิกิริยาของหมู่คาร์บอกซิลกับหมู่อะมิโนของอีกกลุ่มหนึ่งโดยการกำจัดโมเลกุลของน้ำ
โดยปกติพันธะเปปไทด์ (-CO-NH-) จะแสดงเป็นพันธะเดี่ยว โดยไม่ต้องแต่มีจำนวนของลักษณะที่เป็นตัวอย่างพันธะคู่ เนื่องจากไนโตรเจนมีค่าอิเล็กโทรเนกาติวิตีน้อยกว่าออกซิเจนพันธะ CO จึงมีลักษณะพันธะคู่ 60% ในขณะที่พันธะ CN เท่ากับ 40% ดังนั้นพันธะ CO และ NC ของพันธะเปปไทด์จึงมีลักษณะเป็นตัวกลางระหว่างพันธะเดี่ยวและพันธะคู่ ในความเป็นจริงระยะทางระหว่างอะตอมที่วัดในพันธะ CO และ CN เป็นตัวกลางระหว่างการเชื่อมต่อเดี่ยวและพันธะคู่ การจัดเรียงอะตอมนี้เสถียรโดยการสั่นพ้องเพื่อให้หกอะตอมที่เกี่ยวข้องกับการสร้างพันธะเปปไทด์อยู่ในระนาบเดียวกัน
ผลที่ตามมาที่สำคัญอีกประการของการสั่นพ้องคือการเพิ่มขั้วของพันธะเปปไทด์และสร้างโมเมนต์ไดโพล (รูปด้านขวาในตารางด้านบน) ด้วยเหตุนี้พันธะเปปไทด์แต่ละพันธะสามารถมีส่วนร่วมในพันธะไฮโดรเจนสองพันธะ ในหนึ่งในนั้นกลุ่ม -NH- ทำหน้าที่เป็นผู้บริจาคไฮโดรเจนและอีกกลุ่ม -CO- ทำหน้าที่เป็นตัวรับไฮโดรเจน คุณสมบัตินี้มีส่วนอย่างมากในการพับโปรตีนสามมิติดังที่เราจะเห็นในภายหลัง
บางส่วนธรรมชาติของพันธะคู่จะช่วยป้องกันการหมุนฟรีของพันธบัตรที่ร่วม C และ N อะตอมพันธะเปปไทด์ ความแข็งของพันธะคู่นี้จำกัดความเป็นไปได้ของเปปไทด์ตามรูปแบบ มีการกำหนดค่าที่เป็นไปได้สองแบบ:
- การกำหนดค่า Cis: Ca ทั้งสองอยู่ด้านเดียวกันของพันธะคู่
- โครงแบบทรานส์: Ca ทั้งสองอยู่คนละด้านของพันธะคู่
มันควรจะตั้งข้อสังเกตว่าโดยทั่วไปพันธบัตรเปปไทด์จะแสดงเป็นพันธบัตรเดียวไม่ว่าในกรณีใดก็มีลักษณะหลายประการที่ทำให้ใกล้เคียงกับพันธะคู่ นั่นคือเหตุผลที่ผู้เชี่ยวชาญมักกล่าวถึงว่าพันธะเปปไทด์มีคุณสมบัติที่วางไว้กึ่งกลางระหว่างพันธะเดี่ยวและพันธะคู่
